Il corpo degli squali, la cui struttura di base si può considerare sia rimasta invariata in centinaia di milioni di anni, si presenta di forma appiattita o affusolata, a seconda della specie e dell’habitat di appartenenza. Idealmente, il corpo di uno squalo si può suddividere in tre regioni: caudale, addominale e cefalica. La regione caudale è quella che parte dalle pinne pelviche e comprende l’intera pinna caudale. Quella cefalica comprende il muso (o “rostro” nel caso dei pristioforiformi), la bocca, le narici, lo spiracolo e le fessure branchiali dello squalo. La regione addominale, infine, è compresa tra le pinne pettorali e la regione caudale. Tutti gli squali presentano una pinna dorsale, due pinne pettorali e due pinne pelviche. La seconda dorsale e quella anale, a seconda degli ordini, possono essere presenti o meno. Negli ordini convenzionalmente considerati più “primitivi”, inoltre, possono essere presenti spine – poste anteriormente alle pinne dorsali - e una o due coppie di fessure branchiali aggiuntive rispetto alle tradizionali cinque che contraddistinguono la maggior parte delle specie.

Le dimensioni del corpo di uno squalo sono incredibilmente variabili: la maggior parte degli individui misurano un metro o poco più, ma il range varia dai circa venti centimetri dello Squaliolus laticaudus (squalo pigmeo) fino agli oltre diciotto metri dello squalo balena (R. typus).